鳄龟是食肉动物,也会吃腐食。其食性广而杂,小鱼,小龙虾,各种贝类及各种水果蔬菜等都是其猎食的对象,野外个体还会捕食蛇类,鸟类;幼龟甚至会吃植物,它们一般会在缺乏食物的情况下或是夏天才会如此。小鱼往往是幼龟的食物来源,它们差不多任何东西也会吃下。它们主要是吃鱼类及死鱼,无脊椎动物, 腐肉及两栖动物,也会吃蛇或其他龟,亦会吃鸟。饲养下的大鳄龟会吃任何肉类,包括牛肉,鸡肉及猪肉,成年的大鳄龟也曾猎食细小的鳄鱼。
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