通过交叉互换来自由组合。非等位基因自由组合要看什么样的非等位基因，如果是非同源染色体上的非等位基因就可以自由组合。位于非同源染色体上的非等位基因的分离或组合是互不干扰的，在减数分裂过程中，同源染色体上的等位基因彼此分离的同时，非同源染色体上的非等位基因自由组合。如果是同源染色体上的非等位基因就不能自由组合，只能发生交叉互换现象。